Tình thế phức tạp vào lúc đó, khiến Thái hậu Margaret yêu cầu ly hôn với Bá tước Agnus càng nhanh chóng càng tốt. Và dù năm 1524 xảy ra cuộc đảo chính khiến Công tước Albany mất quyền lực, song ông với Thái hậu vẫn tương đối hòa hảo, vì Công tước vẫn tiếp tục vì Thái hậu mà yêu cầu Giáo hoàng thông qua đơn ly hôn giữa bà với Bá tước Agnus. Và cuối cùng vào năm 1527, tháng 3, Giáo hoàng Clement VII cũng đã thông qua yêu cầu ly hôn này của Margaret, những mãi tháng 12 cùng năm thì bà mới nhận được tin báo đáng mừng mà bà hằng mong ước. Ngay lập tức, Thái hậu Margaret kết hôn với Henry Stewart vào ngày 3 tháng 3 năm 1528, bất chấp việc em trai mình là Vua Henry VIII viết thư chỉ trích chị mình qua hành động "tội lỗi" này. Tháng 6 cùng năm, Vua James đã hoàn toàn trưởng thành và có toàn quyền cai trị, và ông đã đày chồng cũ của mẹ mình là Bá tước Agnus khỏi Scotland. Tình hình này khiến Thái hậu và người chồng mới trở thành người có ảnh hưởng lớn nhất trong hội đồng của nhà Vua, ngay sau đó Vua James cũng đả phong cha dượng của mình làm Lãnh chúa Methven[11].

Trong những diễn biến cuối đời, sau khi con trai mình đã hoàn toàn làm chủ Scotland và vị thế cá nhân được đảm bảo, Thái hậu Margaret bước vào việc hàng gắn sự liên kết giữa Scotland và Anh, sau những thời gian bị xáo trộn chính trị. Vua James tỏ ra rất không thích điều này, do Henry VIII đã ủng hộ đưa Bá tước Agnus về khi trước. Tuy vậy, Thái hậu Margaret cuối cùng cũng thuyết phục con trai mình gặp gỡ cậu mình vào năm 1536, và bà viết thư cho Henry cùng Thomas Cromwell với đầy vẽ hân hoan[12]. Bà đã thực sự nghĩ sẽ tạo nên sự kiện Camp du Drap d'Or thứ 2, và lao vào quá tình chuẩn bị sắm sửa vật chất cần thiết. Tuy vậy, cuối cùng cuộc gặp gỡ này cũng không thành công do quá nhiều sự phản đối, và Vua James do ảnh hưởng tử Bá tước Agnus đã rất ghét nước Anh, nay càng không dễ dàng bị rúng động bởi mẹ mình do ông đã hoàn toàn có quyền tự quyết. Trong cuộc hội thoại riêng với ngài Đại sứ Anh là William Howard, Thái hậu Margaret bày tỏ sự "thất vọng và chán nản" của mình với tình hình chính sự ở Scotland[13].

Chán nản trong chính sự, Margaret càng gặp vấn đề trong hôn nhân khi Lãnh chúa Methven còn tệ hơn Bá tước Agnus khi trước, không chỉ thích thú thú vui với tình nhân lộ liễu, mà ông còn trắng trợn tiêu xài tài sản của riêng Margaret, và bà lại muốn ly hôn nhưng lại gặp sự phản đối của Vua James - người đã bị Lãnh chúa Methven ảnh hưởng và theo Margaret là "đã bị mua chuộc" bởi ông. Tình trạng này khiến Margaret vô cùng khổ sở, thậm chí phải viết thư cho em trai để vận động tài chính đang ngày càng thiếu hụt, bà còn phải mô tả mình "trông như một mụ già nghèo nàn đi theo nhà vua" để mô tả cho sự cùng quẫn của mình. Điểm sáng cuối đời của Margaret là khi Vua James cưới Mary xứ Guise vào năm 1538, một người phụ nữ thuần đạo và rất tôn trọng mẹ chồng mình, bên cạnh đó cũng đã giúp Margaret hòa giải lại với Lãnh chúa Methven.

Năm 1541, ngày 18 tháng 10, Thái hậu Margaret từ trần ở Lâu đài Methven, thọ 51 tuổi. Theo ghi chép của Henry Ray, một viên Tùy tùng Berwick đại diện cho nước Anh, thì Margaret có bệnh vào thứ 6 và đột ngột qua đời vào thứ 3 tuần kế tiếp. Do không nghĩ mình sẽ mất, Margaret không kịp để lại di chúc, và nhà Vua James cũng không kịp đến từ Cung điện Falkland để gặp mẹ mình. Theo ước muốn của mình nói trước thầy tu chứng giám, Margaret hi vọng nhà Vua và Bá tước Angus có thể hòa giải, cũng như để toàn bộ tài sản của mình cho người con gái duy nhất, Lady Margaret Douglas. Bà được chôn trong Nhà tế bần ở Perth, Scotland.